北交所交易制度围绕中小企业流动性特点设计，核心由准入门槛、竞价交易机制、涨跌幅规则、申报规范以及大宗交易机制共同构成，相比沪深主板、创业板存在明显差异化安排，投资者需要熟悉全套规则再参与交易。想要正常交易北交所个股，账户需要满足基础准入条件，开通权限要求投资者具备二十四个月以上A股交易经验，开通前二十个交易日账户日均资产达到五十万元，同时完成对应的风险测评与知识测试，未开通权限只能交易北交所相关指数基金，无法买卖个股。交易实行T+1回转制度，当日买入股票次日才可卖出，基础交易时段和A股主流板块相近，但各时段挂单、撤单约束存在细节区别，开盘集合竞价9:15至9:20可申报可撤单，9:20至9:25仅接受申报不能撤单，9:25至9:30为静默期，系统只接收委托不撮合成交，连续竞价覆盖上午下午常规交易时段，14:57至15:00进入收盘集合竞价，同样禁止撤单。
涨跌幅限制是北交所最受关注的制度安排，普通上市股票自上市次日起执行上下30%涨跌幅约束，超出价格区间的委托申报直接判定为废单。新股上市首日、退市整理期首日不设置涨跌幅限制，同时配套两级临时停牌机制，股价相对开盘价波动达到30%、60%时，分别临时停牌十分钟，若停牌时间跨越14:57，将会直接进入收盘集合竞价阶段。连续竞价阶段还设有价格笼子机制，限价申报需要在最新成交价正负5%区间之内，该规则用来抑制短期恶意炒作，很多新手投资者常会因为不了解价格笼子，频繁出现委托失败的情况，短线交易需要预留合理报价空间。
北交所单笔最低申报数量为100股，区别于主板必须100股整数倍的要求，北交所允许以1股为单位递增，投资者可以申报101股、205股这类数量，单笔申报上限为100万股。另外存在特殊卖出规定，如果投资者持仓剩余数量不足100股，需要一次性全部委托卖出，不能拆分零散股份分批挂单。交易最小变动价位为0.01元，投资者可以选择限价申报与市价申报两种类型，市价申报必须填写保护限价，规避行情剧烈波动带来的极端成交风险，在行情快速拉升或者下跌阶段，单纯市价单很容易出现超出预期的成交价。
除普通竞价交易之外，北交所配套大宗交易与盘后固定价格交易作为补充。盘后固定价格交易时段为15:00至15:30，委托统一按照当日收盘价撮合，申报提交之后无法撤销，适合不想参与盘中波动、打算尾盘统一调仓的投资者。大宗交易面向大额资金，设置最低成交门槛，主要满足机构股东大额股权转让需求，成交确认时段集中在收盘之后，大宗交易成交数据不会实时计入盘中行情，对日内短期价格影响有限。整套交易制度兼顾价格发现与风险防控，更高的涨跌幅带来更大盈利空间，同时波动风险同步放大，投资者应当结合各项交易规则调整自身的交易策略，做好仓位管控。
